Орган Московской церкви - уникальный памятник немецкого романтизма ХIХ века работы известного в Германии мастера Эрнста РЁВЕРА (1857-1923). Эти величественные инструменты - его творения звучали в соборах Магдебурга, Хальберштадта, Штендаля и др. Большинство из них, к сожалению, погибло во время Второй мировой войны или подверглось перестройкам в послевоенные годы.
Нынешний инструмент построен в 1898г. Он сменил предшествовавший ему восемнадцатирегистровый орган работы Фридриха Ладегаста (установленный в 1871 г.) и является единственным инструментом Рёвера вне Германии. Его строительство велось в течение двух лет на средства общины, собравшей за счёт частных пожертвований необходимую сумму – 8000 рублей. Он имеет 38 регистров, распределённых на трёх мануалах и педали, пневматическую трактуру (по количесту регистров занимает третье место в Москве после органов, установленных в Концертном зале им.Чайковского и Большом зале Консерватории). По счастливому стечению обстоятельств он никогда не подвергался каким-либо перестройкам и потому сохранил до наших дней свой первозданный звуковой облик. В 1990 г. инструмент был поставлен на учёт как памятник истории и культуры. Долгое время орган реставрировался. Работы шли поэтапно, основную часть работ выполняли специалисты из Германии. Завершилась реставрация в 2012 году, позволив этому уникальному творению Рёвера отметить в 2023 году 125-ю годовщину своей жизни.